Qualsiasi procedura chirurgica prevede la possibilità di complicanze: interventi a 'rischio zero' non esistono e mai probabilmente esisteranno.
Non è possibile quindi per il Suo oculista garantire in modo formale il successo dell'intervento o l'assenza di complicanze.
Il trattamento con il laser ad eccimeri, oltre alle complicanze generiche di ogni intervento (infezioni, malfunzionamento della strumentazione) prevede la rara possibilità delle seguenti complicanze specifiche:

Complicanze intraoperatorie gravi sono estremamente rare:
- perforazione corneale

Complicanze intraoperatorie meno gravi:
- esecuzione di trattamento decentrato: comune a tutte e tre le tecniche cioè PRK, Lasek, Lasik

Specifiche per la Lasik:
- malfunzionamento del microcheratomo con esecuzione di flap incompleto o danneggiato o decentrato: in tale eventualità, il flap viene riposizionato ed il chirurgo può decidere di rinviare l'intervento di alcuni mesi. In alcuni casi è necessario l'apposizione di alcuni punti di sutura corneali.

Complicanze postoperatorie gravi sono estremamente rare:
- infezione: nella chirurgia refrattiva, come per qualsiasi chirurgia oculare, questa complicanza può prendere un carattere di particolare gravità (per esempio in caso di infezione refrattaria alle terapie antibiotiche e/o steroidee) e si può giungere fino alla perdita della vista o anche alla perdita dell'occhio. Questa eventualità è talmente eccezionale che è impossibile valutarne la frequenza.

Meno gravi:
- opacità transitorie della cornea nell'ambito del processo di guarigione-cicatrizzazione; tali opacità determinano iniziali riduzioni dell'efficienza visiva, ma generalmente regrediscono in un arco di tempo intorno ai sei mesi, in alcuni rari casi può essere necessario un nuovo trattamento laser per asportare tali opacità;
- irregolarità della superficie corneale, che può determinare una temporanea diminuzione dell'acuità visiva: tendono a regredire con il tempo;
- irregolarità della cicatrizzazione corneale, tale da determinare alterazioni della superficie corneale; da ciò può risultare una visione distorta, o la formazione di immagini fantasma, o una riduzione permanente dell'acuità visiva massima.
- nel primo periodo post-operatorio talvolta si manifesta la sensazione di aloni intorno alle fonti luminose e di abbagliamento, specie notturno; tale disturbo è di solito ben tollerato e generalmente regredisce in maniera più o meno completa nell'arco di alcuni mesi e dopo che il trattamento sia stato eseguito in entrambi gli occhi.

In alcuni casi tali disturbi possono perdurare anche per anni o per sempre. Essi sono tanto più frequenti tanto più il difetto iniziale è forte e quanto più la pupilla ha tendenza a dilatarsi in presenza di scarsa luce o al buio. In pazienti con pupilla molto ampia e/o affetti da difetti importanti, tali disturbi possono rendere difficoltosa la guida notturna ed, in casi rari, impedirla.

Altre rarissime complicazioni riportate includono:
- formazione di ulcere corneali;
- cheratite interstiziale diffusa non specifica;
- colliquazione corneale;
- perdita di cellule endoteliali corneali;
- progressivo assottigliamento corneale;
- formazione o aumento dei corpi mobili;
- emorragie retiniche;
- distacco di retina;
- deficit di lacrimazione;
- sebbene il trattamento con il laser ad eccimeri non sia di applicazione recente (i primi interventi risalgono al 1989), è possibile che si manifestino altre complicanze non ancora riportate. I risultati degli studi a lungo termine possono rivelare rischi addizionali. È consigliabile quindi eseguire controlli di routine per controllare le condizioni oculari.